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Nel dicembre del 1918 una terribile epidemia di influenza spagnola si abbatté sul Portogallo, Giacinta e Francisco ne furono colpiti; la prima riuscì a guarire dopo una lunga convalescenza, il secondo invece rimase a letto malato. Il mattino del 2 aprile Lucia si recò dal cugino per assisterlo nelle sue ultime ore di vita; il mattino del 4 aprile alle ore dieci Francisco, all'età di undici anni, si spense in presenza della madre e dei familiari. Prima di morire, rivelò Lucia, disse di vedere una grande luce, poi subito scomparsa. Il suo corpo fu sepolto il giorno dopo nel piccolo cimitero di Fatima.
Giacinta qualche tempo dopo venne colpita da una pleurite purulenta e trasportata all'Ospedale di Vila Nova da Ourem. Fu una malattia parecchio dolorosa, una profonda piaga le si scavò nel petto e, dopo due mesi di degenza e il ritorno a casa, questa s'infettò in breve tempo. Il professor Enrico Lisboa decise di condurla al suo ospedale per operarla con i metodi migliori. Venne così allontanata dalla famiglia e trasferita a Lisbona nell'Orfanotrofio di Nostra Signora, sotto le cure della Superiora, Maria della Purificazione. Ma la situazione era davvero critica, il 10 gennaio del 1920 le vennero asportate due costole dalla parte sinistra, dove c'era una piaga "larga quanto una mano", senza anestesia poiché il gracile corpo dell'inferma non lo permetteva. Secondo i testimoni, la ragazzina sopportò tutto con coraggio dicendo che avrebbe offerto tutto per la salvezza dei peccatori. Alle 10:30 del 20 febbraio 1920, la ragazzina, oppressa da dolori lancinanti, morì in presenza dell'infermiera Aurora Gomez, alla quale era stata affidata, lontana da Lucia e dai genitori.
La mattina del giorno dopo, il suo corpo fu trasferito alla chiesa degli Angeli, dove rimase fino alla sera del 24. In seguito partì per Vila Nova de Ourém e fu tumulato nella cappella del barone di Alvaiazere. Trascorsi quindici anni, il 12 settembre 1935, la bara fu aperta. Il corpo, il cui volto fu trovato incorrotto, fu trasportato nello stesso giorno al cimitero di Fatima, dove rimase altri quindici anni e mezzo, fino al 30 aprile 1951. Il 1 maggio successivo, le sue spoglie mortali furono traslate nel transetto della basilica, alla sinistra dell’altare maggiore; un anno dopo il 13 marzo 1952, furono trasportate lì anche le spoglie mortali del fratello Francisco. Il 13 maggio 1989 (72º anniversario di Fatima) il Papa Giovanni Paolo II proclamò l'eroicità delle virtù di Francesco e Giacinta e li beatificò il 13 maggio 2000 proprio a Fatima, luogo delle apparizioni.